De una manera fácil y comprensible el autónomo con una fiscalidad básica se encuentra con dos impuestos principalmente afecto a su actividad:

1. Las ganancias que yo obtengo como autónomo (es decir mi sueldo), tributan en el Impuesto de la Renta de las personas físicas, tendré que hacer unos pagos a cuenta (algo similar a la retención que le hacen trabajadores), dichas retenciones luego se declaran en la declaración de la Renta. En función de la modalidad (Estimación Directa o Módulos), tendremos el Modelo 130 o 131.
2. El IVA, si estamos en Estimación Directa o en Módulos, las cantidades a ingresar son diferentes. En este impuesto tenemos que tener en cuenta el Recargo de Equivalencia para el comercio minorista o el REBU (Régimen de Bienes Usados).

Pero nuestro objetivo es saber que modalidad elegir para ello vamos a saber como funcionan ambos:
Estimación Directa:
Este método calcula ganancias del autónomo, con una fórmula matemática sencilla
Ingresos – Gastos = Rendimiento
Este rendimiento (sueldo) es el que va tributa. Actualmente cada trimestre tendrá que ingresar el 20% y posteriormente, en función del rendimiento que haya obtenido, la situación familiar y patrimonial, en la declaración de la renta esa retención se tiene en cuenta. Es común en muchos autónomo con facturación baja al principio de su actividad que la Renta le «salga» a devolver. En este apartado tenemos que tener a cuenta a las actividad profesionales (como abogados, economistas, periodistas, arquitectos,…etc) los cuales están obligados que sus clientes (solo empresa u otros autónomos), en la factura le haga una retención (7% o 15%) y ellos mismo la ingresan hacienda y al final le comunican los datos del profesional, de esta manera en la renta del profesional aparecerá estas retenciones. Esto profesionales están exentos de ingresar ese 20% puesto que ya los clientes le están haciendo la retención
¿Qué pasa si soy profesional pero facturo otra actividad que no lo es (mercantil)?
En este caso presentaremos  el Modelo 130 y de lo que salga a pagar nos deducimos las retenciones a cuenta de la actividad profesional.
Señalar que existe la Estimación Directa Simplificada y Normal. Lo recomendable para un autónomo que empieza es permanecer en Estimación directa simplificada hasta que la cifra de negocios supere los 600.00o euros anuales. Además la simplificada tiene más ventajas fiscales.
Cuando el autónomo opta por la estimación, tanto normal como simplificada, conocer qué gastos son deducibles para evitar una posible sanción en caso de inspección.
Estimación Objetiva (Módulos):
Este régimen no se puede acoger todas las actividades, Hacienda todos los años pública la orden con los epígrafes que están acogido y que indicadores afectan al mismo.
Este método calcula el rendimiento del autónomo en función de los indicadores que han salido en la orden. Podemos decir que los módulos son como una «tarifa plana», es decir, para un empresario pequeño pero con mucha facturación va pagar lo mismo si tuviera poca. Este régimen no tiene en cuenta los beneficios del autónomo para tributar, sino otro tipo de indicadores como hemos dicho anteriormente.
Requisito para acoger a este Régimen

• Autónomos cuya actividad se incluye en la Orden Ministerial que regula este régimen (detalladas en el siguiente punto de este artículo).
• No superar los límites establecidos en dicha Orden para cada actividad.
• Volumen de ingresos que no supera los 450.000 euros anuales o los 300.000 en el caso de la actividades agrícolas y ganaderas y de las de la división 7 del IAE (transporte y comunicaciones). Desde enero de 2016, y con la Reforma Fiscal, el límite quedará establecido en 150.000 euros anuales y en 200.000 en el caso de la actividades agrícolas, forestales y ganaderas.
• Su volumen de compras, sin incluir inversiones, no supera los 300.000 euros. Desde enero de 2016 el límite se establecerá también en 150.000 euros anuales.
• Autónomos que practiquen retenciones del 1% en sus facturas, aunque desde el 1 de enero de 2016 éstas actividades quedarán excluidas del sistema de estimación objetiva.
• No ha renunciado ni está excluido del régimen simplificado del IVA o del especial de la agricultura.
• No realiza otras actividades que tributan en estimación directa

Otra nota importante a la hora de elegir una opción, en el caso de que se pudiera, es que una vez que iniciamos el año fiscal con un Régimen renunciamos al otro, y tenemos una permanencia de 3 años.